En janvier 1945, l'Armée rouge arriva à environ 50 kilomètres du camp de concentration de Stutthof. Les Allemands décidèrent donc d'évacuer le camp, ainsi que l'ensemble de ses sous-camps. Le 25 janvier 1945, après avoir fait l'appel à quatre heures du matin, ils quittèrent donc le camp principal avec environ 37 000 prisonniers. Ils marchèrent pendant une semaine pour atteindre les camps situés à l'ouest de Dantzig. Dans des conditions hivernales terribles et presque sans nourriture, de nombreux prisonniers moururent d'épuisement, et ceux qui n'étaient plus capables de suivre étaient quant à eux tués par les gardes allemands. Dans leurs nouveaux camps, les prisonniers évacués continuèrent de souffrir de la faim et des maladies. Environ 20 000 personnes moururent au cours de ces marches de la mort. Par ailleurs, quelque 5 000 prisonniers des sous-camps de Stutthof furent emmenés sur la côte de la mer Baltique. Ils furent alors contraints de marcher dans l'eau glaciale, avant d'être fusillés. Les Allemands avaient laissé environ 12 000 prisonniers dans le camp de Stutthof, frappé par une épidémie de typhus. Les 25 et 27 avril 1945, une nouvelle évacuation fut organisée, par la mer cette fois et en direction de Flensbourg et Lübeck. La moitié des prisonniers évacués périrent durant le voyage, et leurs corps nus furent jetés dans la mer Baltique. À l'approche de Lübeck, les autorités allemandes locales sur place n'autorisèrent pas les prisonniers à débarquer. Presque tous furent tués : environ 7 000 prisonniers perdirent la vie. Lorsque l'Armée rouge libéra le camp de Stutthof, le 9 mai 1945, les troupes ne trouvèrent que 140 prisonniers survivants.